Juru Bicara Kepresidenan Julian Aldrin Pasha mengklaim, Presiden Yudhoyono telah berkali-kali meminta agar Wali Kota Bogor agar menjalankan putusan Mahkamah Agung. Namun, perintah itu tak digubris sehingga masalah itu semakin berlarut-larut.
"Dalam kerukunan umat beragama itu hendaknya semua pihak menghormati dan menjalankan apa yang telah menjalankan amar putusan MA. Bahwa mereka (GKI Yasmin) itu memang harus diberikan hak. Tinggal sekarang permasalahannya mengapa ini menjadi berlarut-larut. Ini harus dijelaskan oleh pihak-pihak yang menentang. Terutama diwakili oleh para tokoh dan umat beragama di sana kemudian oleh pemerintah daerah setempat."
Juru Bicara Presiden Julian Adrin Pasha mengakui ada sejumlah kasus kebebasan beragama yang terganggu. Namun dia mengklaim, Presiden Yudhoyono telah memerintahkan Menteri Agama dan lembaga pemerintahan lainnya untuk menyelesaikan masalah itu.
Sebelumnya, Lembaga Setara Institute mencatat Presiden Yudhoyono telah 19 kali berpidato untuk menyampaikan pesan toleransi sepanjang tahun ini. Namun pelanggaran terhadap kebebasan beragama justru meningkat. Presiden Yudhoyono pun dicap lebih gemar berpidato daripada fokus menyelesaikan masalah tersebut.